Po zakończeniu leczenia kanałowego, przez kilka dni może występować niewielka opuchlizna lub stan zapalny. Nie jest to fizycznie ból zęba, lecz tkanek (kości) otaczających go, które mogą zostać powtórnie zainfekowane pozostałymi w kanałach korzeniowych bakteriami. 

Ewentualne dolegliwości powinny ustąpić w niedługim czasie od czyszczenia kanałów. Długo utrzymujący się ból może świadczyć o tym, że zabieg nie został wykonany prawidłowo i konieczne będzie jego powtórzenie.